| 2025年（令和7年）
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| 4月
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| 2024年（令和6年）
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| 4月
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- 運営企画本部に基幹研究系支援室を設置。
- 本部事務局立川共通事務部を廃止し、管理部を設置。
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| 3月
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- 研究系を基幹研究系（先端データサイエンス研究系、統計基盤数理研究系、学際統計数理研究系）に改組し、先端データサイエンス研究系に高等研究センター（統計的機械学習研究センター、マテリアルズインフォマティクス研究推進センター）を設置。
- 研究施設の統計的機械学習研究センター、ものづくりデータ科学研究センターを廃止。
- 所長補佐を設置。
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| 2023年（令和5年）
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| 4月
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- 国立大学法人総合研究大学院大学複合科学研究科統計科学専攻を再編し、先端学術院先端学術専攻統計科学コースを設置。
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| 2022年（令和4年）
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| 1月
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| 2021年（令和3年）
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| 4月
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| 2019年（平成31年）
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| 6月
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| 3月
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| 2018年（平成30年）
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| 4月
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- 研究施設に医療健康データ科学研究センターを設置。
- 基幹的研究組織(3研究系)のグループを改組。
- 極地研・統数研統合事務部及び共通事務センターを廃止し、本部事務局に立川共通事務部を設置。
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| 2017年（平成29年）
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| 12月
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- 運営企画本部に国際連携推進室および男女共同参画推進室（これまで運営企画本部企画室に設置）を設置。
- 運営企画本部知的財産室を産学連携・知的財産室に改組。
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| 7月
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| 1月
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- 調査科学研究センターおよびサービス科学研究センターを廃止。
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| 2014年（平成26年）
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| 12月
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| 7月
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| 2012年（平成24年）
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| 1月
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- 研究施設に統計的機械学習研究センター、サービス科学研究センター、統計思考院を設置。
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| 2011年（平成23年）
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| 1月
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- 研究施設に、データ同化研究開発センターおよび調査科学研究センターを設置。
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| 2010年（平成22年）
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| 7月
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- 管理部を極地研・統数研統合事務部に改組、および共通事務センターを設置。運営企画本部に新たにNOE推進室を設置。
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| 6月
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- Akaike Guest House（宿泊施設）の運用開始。
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| 2009年（平成21年）
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| 10月
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| 1月
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| 2008年（平成20年）
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| 4月
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- 附属施設に新機軸創発センターを設置。運営企画室を運営企画本部に改組し、同本部に知的財産室、評価室、広報室の3室を設置。
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| 3月
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| 2006年（平成18年）
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| 4月
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| 2005年（平成17年）
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| 4月
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- 研究組織を3 研究系（モデリング研究系、データ科学研究系、数理・推論研究系）に改組し、附属施設である統計計算開発センターおよび統計科学情報センター並びに技術課を統計科学技術センターに統合。附属施設を研究施設に改め、リスク解析戦略研究センターを設置。
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| 2004年（平成16年）
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| 4月
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- 国立大学法人法により大学共同利用機関法人情報・システム研究機構統計数理研究所となる。それに伴い、企画調整主幹制を廃止し、副所長制を設置。
- 国立大学法人総合研究大学院大学数物科学研究科統計科学専攻が再編され、複合科学研究科統計科学専攻を設置。
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| 2003年（平成15年）
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| 9月
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