「総合研究大学院大学（SOKENDAI）特別研究員は、 我が国の学術研究及び科学技術・イノベーションに貢献する人材を育成するために、本学の博士後期課程相当に在籍する優秀な志のある学生をSOKENDAI特別研究員として採用し、経済的な支援（研究奨励費の支給）を行うとともに、多様なキャリアパスの整備に向けた取り組みを行う制度です。詳しくは
リサーチ・アシスタント制度では、指導教員の下で特定の研究課題に取り組む学生を雇用します。（年間の目安：60万円程度～110万円程度）
入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、全額又は半額の免除が認められる制度が総研大にあります。制度についてはこちら
優れた学生に、研究に専念する機会を与えることを目的として作られた日本学術振興会の制度です。本人の申請に基づいて審査の上、採用されれば毎月の研究奨励金が支給され、科学研究費補助金（特別研究員奨励費）の交付も受けられます。制度についてはこちら
日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します 。制度についてはこちら