マニュアル

Q&A よくある質問とその回答

並列計算機 (SGI Altix3700) に関する質問

  • Q-1　ジョブスクリプトファイルでPBSのオプション行が有効にならない。
  • Q-2　SJISコードのファイルが文字化けする。
  • Q-3　IntelCompilerにて自動並列オプション-parallelを指定しているが並列化されない。
  • Q-4　qsubでジョブ投入し、qstatのジョブステータスが“E”となり何も出力されないで終了してしまう。
  • Q-5　C言語でSCSLライブラリ（LAPACKの関数）の使用時ワーニングが表示される。
  • Q-6　ismaltxでジョブを実行したがいつの間にか終了していた。
  • Q-7　MPIプログラムでのSCSLライブラリのリンクについて。
  • Q-8　バッチ投入したプログラムのエラー出力などを確認したい。

Q&A

Q-1　ジョブスクリプトファイルでPBSのオプション行が有効にならない。
A-1　ジョブスクリプトの#PBS行の途中でプログラム実行が記述されていたため、プログラム実行以下に記述している#PBS行は有効になりません。

悪い例
[sgiadm@ismaltx template]$ #!/bin/csh
#PBS -q q8
cd /home0/sgi/prog1
※以下の行からコメント扱いになり有効になりません
#PBS -N job_name
#PBS -j oe
#PBS -m ae
#PBS -l ncpus=1
./a.out

良い例
[sgiadm@ismaltx template]$
#!/bin/csh
#PBS -q q8
#PBS -N job_name
#PBS -j oe
#PBS -m ae
#PBS -l ncpus=1

cd /home0/sgi/prog1
./a.out

Q-2　SJISコードのファイルが文字化けする。
A-2　nkf -e などでEUCコードに変換してください。
Q-3　IntelCompilerにて自動並列オプション-parallelを指定しているが並列化されない。
A-3　プログラムにより並列化されないことがあります。IntelCompilerの自動並列化にくらべ 様々な並列化オプションが利用可能なVAST/toOpenMPをご利用下さい。 利用方法は“並列計算機の利用手引き”第5章に記載しています。
Q-4　qsubでジョブ投入し、qstatのジョブステータスが“E”となり何も出力されないで終了してしまう
A-4　環境設定ファイル（.cshrc .tcshrc .profile .loginなど）の記述ミスにより発生することがあります。一度、環境設定ファイル等をmvしていただいて実行して見て下さい。。
Q-5　C言語でSCSLライブラリ（LAPACKの関数）の使用時ワーニングが表示される。
A-5　 SCSL のLAPACK ルーチンはC/C++のインターフェイスを提供しておらず、FORTRAN のインターフェイスを直接呼び出している為です。こちらを消す為には、プロトタイプ宣言を手動で行う必要がございます。よって、多少目に付きますが、実害はございませんので無視して頂いて結構です。
Q-6　ismaltxでジョブを実行したがいつの間にか終了していた。
A-6　ismaltx上ではCPU時間で2時間の制限をしていますので、バッチを積極的にご利用下さい。
Q-7　MPIプログラムでのSCSLライブラリのリンクについて。
A-7　MPIプログラムでSCSLをリンクする場合には-lscsとなります。 -lscs_mpはOpenMP版となりますのでご注意下さい。
Q-8　バッチ投入したプログラムのエラー出力などを確認したい。
A-8　ジョブの実行中は、バッチシステム専用のスプール領域にファイルが作成され、 終了時にファイルをコピーするようになっています。ジョブスクリプト中のプログラム実行部分でRedirectによる標準出力，標準エラー出力等のファイルを指定して状況を確認して下さい。
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