平成242012)年度 一般研究2実施報告書

 

課題番号

24−共研−2090

分野分類

統計数理研究所内分野分類

j

主要研究分野分類

3

研究課題名

人類の生理・代謝および疾患に関するゲノム多様性と移動

フリガナ

代表者氏名

オオタ ヒロキ

太田 博樹

ローマ字

Oota Hiroki

所属機関

北里大学

所属部局

医学部 解剖学

職  名

准教授

配分経費

研究費

40千円

旅 費

2千円

研究参加者数

3 人

 

 

研究目的と成果(経過)の概要

ヒトのゲノム多様性は進化の産物である。本研究では人類地域集団の移動と集団の特徴を示す生理・代謝あ
るいは疾患などをゲノム情報から理解することを目的とする。

本研究の目的達成には、新たな統計数理モデルが必要となる。すなわち重点テーマの内容と深く関係する内
容を含み、共同研究の必要が生じた。そこで、本研究は以下の行程で進めた。
1)ヒト集団のDNA試料の収集をおこなった
2)TaqManなどによるcommonなSNPのタイピングをおこなった
3)特定の形質(形態、生理・代謝、疾患)と密接に結びつく多型の検出を試みた
4)重点テーマにより開発された新たな統計数理モデルによりこれらのゲノムデータを解析した
5)得られた結果を人類の進化と移動の観点から考察した

 

当該研究に関する情報源(論文発表、学会発表、プレプリント、ホームページ等)

査読有
T. Jinam, N. Nishida, M. Hirai, S. Kawamura, H. Oota, K. Umetsu, R. Kimura, J. Ohashi, A. Tajima, T. Yamamoto, H. Tanabe, S. Mano, Y. Suto, T. Kaname, K. Naritomi, K.Yanagi, N. Niikawa, K. Omoto* and N. Saitou*

The history of human populations in the Japanese Archipelago inferred from Genomewide SNP data with a special reference to the Ainu and the Ryukyuan Populations.
Journal of Human Genetics (2012)

J-H. Park, T. Yamaguchi, C. Watanabe, A. Kawaguchi, K. Haneji, M. Takeda, Y-I. Kim, Y. Tomoyasu, M. Watanabe, H. Oota, T. Hanihara, H. Ishida, K. Maki, S-B. Park, R. Kimura*

Effects of an Asian-specific nonsynonymous EDAR variant on multiple dental traits.
Journal of Human Genetics 57(8): 508-14 (2012) doi: 10.1038/jhg.2012.60.

K. Koganebuchi#, T. Katsumura#, S. Nakagome, H. Ishida, S. Kawamura, H. Oota* The Asian Archival DNA Repository Consortium

Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders.
Anthropological Science (2012) DOI: 10.1537/ase.120322 [Advance Publication] Released: June 26, 2012

S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota*

Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation
Molecular Biology and Evolution 29:1569-85 (2012) doi:10.1093/molbev/mss006

査読無

H. Oota*, K.K. Kidd

Duplicated Gene Evolution of the Primate Alcohol Dehydrogenase Family. pp 149 - 161. Primatology Monographs (Series Editors: T. Matsuzawa & J. Yamagiwa) Post-Genome Biology of Primates, edited by H. Hirai, H. Imai, Y. Go (2012) Springer (Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York) ISBN 978-4-431-54010-6. DOI 10.1007/978-4-431-54011-3

S. Nakagome, H. Oota*

Evolutionary Insights into the "Population-Specificity" of the Genetic Factors Associated with Inflammatory Bowel Diseases. Ulcerative Colitis 2, edited by Prof. Mustafa M.Shennak (2012) InTech (Rijeka, Croatia) ISBN 979-953-307-555-5.

太田博樹
古代人類ゲノム塩基配列決定ラッシュ〜現代人の免疫機構に影響を与えた過去の混血
実験医学 News & Hot Paper Digest 2012年10月(羊土社)

太田博樹
古DNA分析:クオリティー検査法と考古学への応用 
月刊 考古学ジャーナル 特集 古人骨の考古科学2012年7月30日(ニューサイエンス社)

中込滋樹、太田博樹
アボリジニーの全ゲノム配列から探る現生人類の「出アフリカ」拡散
生物の科学 遺伝 7月号 トピックス 2012年7月 (NTS)



学会発表

H. S. Said, S. Wataru, N. Shigeki, H. Oota, H. Chinen, H. Morita, M. Hattori
Title: Comparative Analysis of Salivary Microbiota of IBD Patients and
Healthy Individuals using Barcoded Pyrosequencing
International Human Microbiome Congress (Mar. 19-21, 2012, Paris,
France)

H. S. Said, S. Wataru, N. Shigeki, H.Oota, H. Chinen, H. Morita, M. Hattori
Title: Comparative Analysis of Salivary Microbiota of IBD Patients and Healthy Individuals using Barcoded Pyrosequencing
International Human Microbiome Congress (Mar. 19-21, 2012, Paris, France)

T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
Title: Medaka (Oryzias latipes) as a population model for studying functional differences between the alleles of human polymorphisms (Poster)
The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting (Jun. 23 - 26, 2012 Dublin, Ireland)

Y. Matsushita, H. Oota, B. Welker, M. Pavelka, S. Kawamura
Title: Color vision variation of trichromacy by L/M hybrid genes in wild populations of New World howler monkeys (Poster)
The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting (Jun. 23 - 26, 2012 Dublin, Ireland)

Y. Matsushita, H. Oota, B. Welker, M. Pavelka, S. Kawamura
Title: Possible anomalous trichromacy of color vision by hybrid L/M opsin genes in wild howler monkeys, Alouatta
International Primatological Society XXIV Congress (Aug. 12 - 17, 2012, Cabcun, Mexico)

S. Kawamura, K. Sakurai, M. Bergstrom, M. Shirasu, Y. Matsushita, A. Melin, H. Imai, K. Touhara, H. Oota, F. Aureli, L. Fedigan
Title: Assessment of bitter taste receptor gene variation and dietary fruit odorants in natural populations of color-vision polymorphic New World Monkeys
International Primatological Society XXIV Congress (Aug. 12 - 17, 2012, Cabcun, Mexico)

○米田穣、太田博樹、日下宗一郎、覚張隆史、小山荘太郎
Title: 保美貝塚出土人骨・獣骨の分析
日本考古学協会、第78回総会研究発表プログラム、大正大学大崎キャンパス、東京、2012年5月27日.(口頭)

○河村正二、櫻井児太摩、白須未香、松下裕香、Amanda MELIN、Mackenzie BERGSTROM、今井啓雄、東原和成、太田博樹、Filippo AURELI、Linda FEDIGAN
Title: 新世界ザル野生集団における苦味受容体遺伝子群の多様性と採食果実の香気成分分析
第28回日本霊長類学会、椙山女学園大学、名古屋、2012年7月6-8日.(口頭)

○河村正二、櫻井児太摩、白須未香、松下裕香、Amanda MELIN、Mackenzie BERGSTROM、今井啓雄、東原和成、太田博樹、Filippo AURELI、Linda FEDIGAN
Title: 新世界ザル野生集団における苦味受容体遺伝子群の種内変異と採食果実の香気成分分析
第14回日本進化学会、首都大学東京南大沢キャンパス、2012年8月21-24日.(口頭)

○佐藤丈寛、川口亮、石田肇、山口徹太郎、山本健、河村正二、中込滋樹、間野修平、埴原恒彦、太田博樹、渡辺千晶、山口今日子、木村亮介

Title:ゲノムワイドSPNデータに基づく琉球列島の人々の集団構造
第66回日本人類学会大会(東京)2012年11月2-4日

○中込滋樹、知念寛、竹山康章、Said H. S.、須田亙、木村亮介、石田肇、埴原恒彦、Kidd J. R.、Kidd K. K.、河村正二、森田英利、服部正平、間野修平、太田博樹
Title:琉球諸島と北部九州におけるクローン病の遺伝と環境の相互作用に関する人類学的考察
第66回日本人類学会大会(東京)2012年11月2-4日

○西村貴孝、本井碧、星良和、近藤隆一郎、太田博樹、綿貫茂喜
Title:現代日本人の寒冷適応能とミトコンドリアハプログループの係について
第66回日本人類学会大会(東京)2012年11月2-4日

○勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、埴原恒彦、河村正二、太田博樹
Title: ヒトとメダカ共通に観察された地域集団間の性的二型の程度の違いに関与する遺伝的多型
第66回日本人類学会大会(東京)2012年11月2-4日


ホームページ等
http://www.med.kitasato-u.ac.jp/~anatomy-anthropology/oota_lab/index.php

研究会を開催した場合は、テーマ・日時・場所・参加者数を記入してください。

代表者本人が開催した研究会はありません

来所日数に関して:
分担者の間野との研究打ち合わせのために、複数の共同研究者がいる琉大に1回、本予算にて来所した

 

研究参加者一覧

氏名

所属機関

中込 滋樹

統計数理研究所

間野 修平

統計数理研究所