平成24（2012）年度　共同利用登録実施報告書

課題番号	24−共研−18	分野分類		統計数理研究所内分野分類		j
				主要研究分野分類		3
研究課題名	日本固有の毒蛇ハブのオミックス解析
フリガナ 代表者氏名	シバタ ヒロキ 柴田 弘紀		ローマ字		Shibata Hiroki
所属機関	九州大学
所属部局	生体防御医学研究所 遺伝情報実験センター
職　　名	准教授

研究目的と成果の概要

日本固有の毒蛇ハブ（Protobothrops flavoviridis）の全ゲノム配列決定プロジェクトを進めている。奄美大島産のメスの血液から抽出したゲノムDNAを用いて全ゲノムショットガンライブラリを作製し、現在までにロシュ454シークエンサーの解析を21ラン終了した。トータルで28,474,061リード、10,013,039,758塩基取得した。これらのリードからGS Denovo Assemblerを用いて新規アセンブリを行った。その結果、54万本のコンティグが生成され、平均長は2.2kb、N50は3.1kbであった。さらにインサート長の異なる3種のメイトペアライブラリ（4kb、8kb、12kb）を作成し、イルミナGAシークエンサでリード情報を取得した。これらメイトペアのリードを先のコンティグに投入しSSPACEを用いて連結したところ、47万本のスキャッフォールド（平均長3.4kb、N50は24kb）に連結された。今後もリードを追加して、コンティグ及びスキャッフォールドのさらなる連結を進めて行く。