平成23（2011）年度　重点型研究実施報告書

課題番号	23−共研−4322		分野分類			統計数理研究所内分野分類			j
						主要研究分野分類			3
研究課題名	配列アラインメント手法の評価と改良のための分子系統樹の利用
重点テーマ	ゲノム多様性と進化の統計数理
フリガナ 代表者氏名	カトウ カズタカ 加藤 和貴				ローマ字		Katoh Kazutaka
所属機関	産業技術総合研究所
所属部局	生命情報工学研究センター
職　　名	招聘研究員
配分経費	研究費	40千円		旅　費		0千円		研究参加者数		2　人

研究目的と成果（経過）の概要

ゲノム配列の進化学的解析において、配列アラインメントと分子系統樹構築は基礎的な解析技術である。従来、アラインメントの正確さは、主にタンパク質の立体構造に基づいて評価されてきた。本研究では、分子系統樹の正確さに基づくアラインメントの評価、および、アラインメント計算手法の改良を行う。数本の配列からなる小規模の系統樹を使った評価がこれまでに行われているため、それを数十本の配列からなるより現実的な規模に拡張した。比較的単純な累進法を用いた方法がよい結果を与える一方、整合性基準を用いた方法は比較的悪い結果を与えた。

当該研究に関する情報源（論文発表、学会発表、プレプリント、ホームページ等）

* http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
* Katoh K, Ledergerber C, Dessimoz C, Gil M. Effect of adding homologs in phylogenetic analysis. Workshop "Methods for multiple alignment and phylogenetic tree making for large sequence data set," Annual Meeting of Society for Molecular Biology and Evolution, Jul. 2011, Kyoto, Japan
* Katoh K. Effect of adding homologs in phylogenetic analysis. Zurich Colloquium for Computational Molecular Evolution, Jul. 2011, Zurich, Switzerland

研究会を開催した場合は、テーマ・日時・場所・参加者数を記入してください。

なし。

研究参加者一覧
氏名	所属機関