平成18（2006）年度　一般研究２実施報告書

課題番号	18−共研−2037			専門分類		7
研究課題名	分子系統樹推定法の開発
フリガナ 代表者氏名	ハセガワ　マサミ 長谷川　政美			ローマ字		Hasegawa Masami
所属機関	統計数理研究所
所属部局	モデリング研究系
職　　名	教授
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配分経費	研究費	50千円	旅　費		0千円		研究参加者数	16　人

研究目的と成果（経過）の概要

生物系統学の実際問題の解決を通じて、既存の分子系統樹推定法の問題点を洗い出し、新しいモデルの開発を進めた。最尤法による分子系統樹推定に際し、モデルのミススペシフィケーションがどのような推定の偏りを与えるかを調べた。ゲノムプロジェクトの成果として、ゲノム規模の塩基配列データが次々に生み出されるようになり、そのような大規模データによる系統樹推定（ゲノム系統学）が盛んに行われるようになってきた。データが増えるに従って、当然サンプリング誤差は限りなく小さくなり、特定の系統樹が見かけ上は高い信頼度で支持されるようになる。ところが、系統樹推定に偏りがあれば、間違った系統樹が強く支持されてしまう危険が増えてきたともいえる。真獣類の系統進化を明らかにするために、ゲノムプロジェクトの進んでいる種について、さまざまなモデルを用いてゲノム規模の配列データ解析を行った。その結果、遺伝子ごとの違いを考慮しないモデルでは、間違った系統樹が非常に強く支持されてしまうことが分かった。遺伝子ごとに進化の速度や様式が異なるので、系統樹推定に際しては遺伝子ごとの違いを考慮に入れたモデルが不可欠であることが示された（Nishihara, Okada & Hasegawa, 投稿中）。

当該研究に関する情報源（論文発表、学会発表、プレプリント、ホームページ等）

論文
1. T. Akasaki, M. Nikaido, K. Tsuchiya, S. Segawa, M. Hasegawa, and N. Okada (2006) Extensive mitochondrial gene arrangements in coleoid Cephalopoda and their phylogenetic implications. Mol. Phylogenet. Evol. 38:648−658
2. A. Kurabayashi, C. Usuki, N. Mikami, T. Fujii, H. Yonekawa, M. Sumida, and M. Hasegawa (2006) Complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of a Malagasy poison frog Mantella madagascariensis: Evolutionary implications on mitochondrial genomes of higher anuran groups. Mol. Phylogenet. Evol. 39: 223−236
3. H. Nishihara, M. Hasegawa, and N. Okada (2006) Pegasoferae, an unexpected mammalian clade revealed by tracking ancient retroposon insertions. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103: 9929−9934
4. Y. Nishimoto, T. Takasaka, M. Hasegawa, H.Y. Zheng, Q. Chen, C. Sugimoto, T. Kitamura, and Y. Yogo (2006) Evolution of BK virus based on complete genome data J. Mol. Evol., 63:341−352.
5. Sasaki T., Nikaido M., Wada S., Yamada T.K., Cao Y., Hasegawa M., Okada N (2006) Balaenoptera omurai is a newly discovered baleen whale that represents an ancient evolutionary lineage. Mol. Phylogenet. Evol. 41:40−52.
6. M. Watanabe, M. Nikaido, T.T. Tsuda, T. Kobayashi, D. Mindell, Y. Cao, N. Okada, and M. Hasegawa (2006) New candidate species most closely related to penguins. Gene 378: 65−73.
7. M. Munemasa, M. Nikaido, S. Donnellan, C.C. Austin, N. Okada, and M. Hasegawa (2006) Phylogenetic analysis of diprotodontian marsupials based on complete mitochondrial genomes. Genes and Genetic Systems 81:181−191.
8. L.A. Pastene, M. Goto, A.N. Zerbini, K. Watanabe, Y. Bessho, D. Kerem, N. Kanda, M. Hasegawa, R. Nielsen, F. Larsen, and P.J. Palsbøll (2007) Marine speciation during periods of global warming: timing of origin and radiation of the common minke whale, Balaenoptera acutorostrata. Molecular Ecology 16:1481−1500.

研究会を開催した場合は、テーマ・日時・場所・参加者数を記入してください。

研究参加者一覧
氏名	所属機関
足立　淳	統計数理研究所
大波　純一	東京大学
岡田　典弘	東京工業大学
岸野　洋久	東京大学
下平　英寿	東京工業大学
Seo, Tae-Kun	東京大学
曹　纓	統計数理研究所
Zhong, Yang	Fudan University
二階堂　雅人	統計数理研究所
西本　由利子	情報・システム研究機構
橋本　哲男	筑波大学
松井　淳	総合研究大学院大学
三井　英也	総合研究大学院大学
Yang, Ziheng	University College London
米沢　隆弘	総合研究大学院大学