平成23（2011）年度 重点型研究実施報告書
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課題番号 |
23−共研−4318 |
分野分類 |
統計数理研究所内分野分類 |
h |
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主要研究分野分類 |
3 |
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研究課題名 |
タンパク質にかかる淘汰圧の時空間分布推定 |
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重点テーマ |
ゲノム多様性と進化の統計数理 |
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フリガナ 代表者氏名 |
ワタベ テルアキ 渡部 輝明 |
ローマ字 |
Watabe Teruaki |
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所属機関 |
高知大学 |
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所属部局 |
教育研究部医療学系連携医学部門 |
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職 名 |
講師 |
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配分経費 |
研究費 |
40千円 |
旅 費 |
0千円 |
研究参加者数 |
2 人 |
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研究目的と成果（経過）の概要 |
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タンパク質は従来から備えている機能を変化させたり，新規に機能を獲得したりすることで環境に適応する能力を有している．この環境適応はアミノ酸配列置換によってもたらされるが，アミノ酸配列の置換は遺伝子上で起こった突然変異が淘汰された結果である．そのため突然変異の淘汰は環境に特有の選択圧のもとで行われ，進化の過程において変化する環境に依存していくものと考えられる．つまりタンパク質適応進化について理解するためには，選択圧の時空間的な揺らぎを解明することが重要となる．我々は階層ベイズモデルを通して，タンパク質表面における選択圧の空間分布を検出する方法を開発した．この方法は磁性体物理の分野で理論的枠組みが確立したイジング模型を用いて構築されており，選択圧の空間集積性の強さと広さを決める超パラメータは周辺尤度を最大化することで決定可能である．事前分布のモデルは正規化が困難であるため，熱力学的積分のアイデアを利用した方法により対数周辺尤度を計算する．この方法をインフルエンザウイルスのヘマグルチニンタンパク質に適用し，選択圧の空間分布を検出した． |
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当該研究に関する情報源（論文発表、学会発表、プレプリント、ホームページ等） |
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T. Watabe and H. Kishino. |
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研究会を開催した場合は、テーマ・日時・場所・参加者数を記入してください。 |
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間野先生、佐々木先生により開催された研究集会に参加 |
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研究参加者一覧 |
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氏名 |
所属機関 |