平成24（2012）年度 一般研究１実施報告書
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課題番号 |
24−共研−1003 |
分野分類 |
統計数理研究所内分野分類 |
a |
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主要研究分野分類 |
3 |
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研究課題名 |
次世代シーケンスデータの統計解析基盤 |
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フリガナ 代表者氏名 |
ヨシダ リョウ 吉田 亮 |
ローマ字 |
Yoshida Ryo |
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所属機関 |
統計数理研究所 |
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所属部局 |
モデリング研究系 |
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職 名 |
准教授 |
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研究目的と成果（経過）の概要 |
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高速シーケンサがゲノム情報の爆発的な大規模化をもたらした今、シーケンスデータ解析の方法論の抜本的な見直しが求められている。モチーフ配列の発見、すなわち塩基配列に埋め込まれた短い保存配列を検出する問題は、生物情報学の創世期からの研究対象であり、現在に至るまで実に多くの方法論が提案されてきた。しかしながら、近年のデータの大規模化により、これら第一世代のモチーフ検出手法はその機能を果たせなくなりつつある。そこで、第二世代アルゴリズムの開発競争が始まることとなる。次世代シーケンサ以降の第二世代アルゴリズムの中で、真に実用レベルに達するものは今のところ存在しない。本研究では、タスク分割型モチーフサンプラーという新しいモチーフ検出法のプロトタイプを開発した。アルゴリズムの設計概念は、以下のように説明される：複数のモチーフ検出アルゴリズムを並列実行する際、探索軌道間に「反発作用」を与え、各々が異なるモチーフ配列に到達するように作業分担させる。このタスク分割機能により、多様なモチーフ配列を重複なく、一回の並列計算で網羅的に検出することが可能になった。 |
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当該研究に関する情報源（論文発表、学会発表、プレプリント、ホームページ等） |
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池端久貴, 吉田亮 (2012) ベイジアン・コンピューティングとDNA配列からのプロモータ部位の予測, 2012年度統計関連学会連合大会 |
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研究会を開催した場合は、テーマ・日時・場所・参加者数を記入してください。 |
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研究参加者一覧 |
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氏名 |
所属機関 |
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長崎 正朗 |
東北大学 |
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広瀬 修 |
金沢大学 |