平成22（2010）年度　共同利用登録実施報告書

課題番号	22−共研−7	分野分類		統計数理研究所内分野分類		f
				主要研究分野分類		3
研究課題名	新世代シーケンシングデータの解析手法の検討
フリガナ 代表者氏名	ワダ　ヤスヒコ 和田　康彦		ローマ字		Yasuhiko Wada
所属機関	佐賀大学
所属部局	農学部
職　　名	教授

研究目的と成果の概要

　新世代シーケンサーから生産される膨大なシーケンスデータを整理し、統計処理をする手法は各種、提案されているが、家畜家禽の新世代シーケンスデータは少なく、既存の手法が家畜家禽の新世代シーケンスデータに適合するのかどうかを検証した例がない。

　そこで、ショートリードのシーケンスデータを参照配列にマッピングするMaqやSOAP2について、ウシやニワトリのゲノムに対しての性能について比較・検討することを目的とした。

　しかしながら、現在までに、ウシやニワトリのゲノムDNAやプロファイルmRNAに関するショートリードの新世代シーケンスデータを入手できていない。

　本年度は、MaqおよびSOAP２について、各スーパーコンピュータ等にインストールを行い、入手できたヒトのショートリードのシーケンスデータについて、基本的な性能チェック等を行った。

　また、新世代シーケンスデータではないが、ニワトリ全ゲノムマイクロアレイのデータについて、統計学的に発現差のあるプローブを抽出し、アノテーションデータを収集し、遺伝子のクラス分けをするシステムを開発した。