平成24（2012）年度　共同利用登録実施報告書

課題番号	24−共研−3	分野分類		統計数理研究所内分野分類		a
				主要研究分野分類		3
研究課題名	データ同化による細胞内ネットワークシミュレーションモデル構築の研究
フリガナ 代表者氏名	ハセガワ タカノリ 長谷川 嵩矩		ローマ字		Hasegawa Takanori
所属機関	京都大学化学研究所
所属部局	バイオインフォマティクスセンター
職　　名	大学院生 博士課程

研究目的と成果の概要

本研究は, 生体内観測データを利用することで, 文献から引用した生体内パスウェイを修正・拡張する計算機科学手法の開発を目的としている. 実際に手法を適用するデータとしては, Richard et al. (2003) が作成した遺伝薬理学パスウェイ, また生体内観測データとしてこれに対応するラット (Adrenalectomized (ADX), (副腎を摘出したラット))の細胞に副腎皮質ホルモンであるグルココルチコイド(合成副腎皮質ステロイド)を暴露し計測した時系列マイクロアレイデータで用いることとした. グルココルチコイドに関するパスウェイは薬物から直接, 若しくは短い経路を辿って遺伝子の発現に影響を与えるものが多いと考えられ, これまでに様々な形の小規模ネットワークが提案されており、適用対象として適切だと考えられた [Foteinou at al. (2009), Hazra et al. (2008)].
本研究はデータ同化を用いて生体内シミュレーションを行う為, 計算機コストが多大である. 依って, 統計数理研究所の施設共同利用の申請をさせて頂いたが, 実際にアプリケーションを実行したところ, 開発環境と計算機環境が適合せず, 正常に実行させることが極めて困難であることが分かった. その為やむを得ず, 開発環境と適合する他の計算機の使用を検討するに至り, 本研究の共同使用を利用した研究成果を生むことは出来なかった.