計算処理の中心となっているのは、大型コンピュータ HITAC M-280 H システムである。多種多様な統計解析および統計的シミュレーションなどが、このシステムを用いて処理されている。計算機室・ターミナル室あるいは各研究部門ごとに1〜4台設置された端末機を通じた会話処理により、効率的にプログラムやデータの作成・編集およびそれらを用いた計算の実行などが行われている。バッチ処理として行われる大規模な計算も、その多くが端末からの指令により開始される。プログラム言語としてはFORTRAN が最も多く使用されている。また、APL,PL/I の使用頻度も比較的高い。その他、REDUCE(数式処理用),LISP,BASIC,アセンブラなども使われている。
時系列データの作成や加工および実時間シミュレーションなどの特別な目的のためには、ハイブリッド・コンピュータS-300 システムが使用されている。
この他、データの取込みや機器の制御、小規模計算などを行うため、また、ワードプロセッサやインテリジェント端末の代用として、ミニ・コンピュータおよびマイクロ・コンピュータが多数使用されている。さらにプログラム開発用にエンジニアリングワークステーションを使用している。これらは大型システムの機能を補い、負荷を軽減している。
コンピュータを利用できる者は、原則として、所員(客員を含む)および共同研究員・外来研究員に限られる。個人用を除き、コンピュータに関する管理運営は、「計算機委員会」の決議に基づいて、統計データ解析センターが行っている。