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その他のソフトウェア

  1. MOLPHY
  2. 情報量統計学的データ可視化ツール

1. MOLPHY

MOLPHY: A Computer Program Package for Molecular Phylogenetics

This is the MOLPHY (ProtML) distribution, version 2.3.
Copyright (c) 1992-1996, Jun Adachi & Masami Hasegawa.
All rights reserved.
MOLPHY is a program package for MOLecular PHYlogenetics.

ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method.

Programs (C language)

  • ProtML: Maximum Likelihood Inference of Protein Phylogeny
  • NucML: Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
  • ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
  • NucST: Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
  • NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix

Utilities (Perl)

  • mollist: get identifiers list
  • molrev: reverse DNA sequences
  • molcat: concatenate sequences
  • molcut: get partial sequences
  • molmerge: merge sequences
  • nuc2ptn: DNA -> Amino acid
  • rminsdel: remove INS/DEL sites
  • molcodon: get specified codon sites
  • molinfo: get varied sites
  • mol2mol: MOLPHY format beautifer
  • inl2mol: Interleaved -> MOLPHY
  • mol2inl: MOLPHY -> Interleaved
  • mol2phy: MOLPHY -> Sequential
  • phy2mol: Sequential -> MOLPHY
  • must2mol: MUST -> MOLPHY
  • etc.
MOLPHY is a free software, and you can use and redistribute it. The programs are written in a standard subset of C with UNIX-like OS. The utilities are written in the "Perl" (Ver.4.036) with UNIX-like OS. MOLPHY has been tested on SUN4's (cc & gcc with SUN-OS 4.1.3) and HP9000/700 (cc, c89 & gcc with HP-UX 9.05).
However, MOLPHY has NOT been tested on VAX, IBM-PC, and Macintosh.

NETWORK DISTRIBUTION ONLY: The latest version of MOLPHY is always available by Repository in MOLPHY.

[ダウンロード]
MOLPHY

2. 情報量統計学的データ可視化ツール

情報量統計学的データ可視化ツール
An AIC-based Tool for Data Visualization

情報量統計学的データ可視化ツールについて
石黒真木夫@統計思考院@統計数理研究所
2015.2.15
科学研究費によって製作したソフトウェア
モデル選択法による統計的推論へのデータ前処理組み込みに関する研究
平成23年度〜 平成26年度 挑戦的萌芽研究課題番号23650148
研究分担者
清水悟 東京女子医科大学・医学部
種村正美 統計数理研究所・名誉教授
三分一史和 統計数理研究所・モデリング研究系

内容

現象解析の初期段階において多変数間の関係を見る道具として一般に広 く使われているものとして相関係数行列がある。しかし、それには次の2つ の大きな欠点がある。 (1) カテゴリ変数が扱えない (2) 非線形関数関係が扱えない 本ソフトは、変数間に成り立つモデルの赤池情報量基準( AIC )を考えるこ とにより (1)´ カテゴリ変数が扱える (2)´ 非線形関数関係が扱える ようにした汎用ソフトである。

ファイル

  • Visualize.infoStat_ver_1.2.R
  • AIC-based_Tool4DataVisualization.pdf : 説明書
  • サンプルデータフォルダ
  • 出力結果見本フォルダ
[ダウンロード]
情報量統計学的データ可視化ツール

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